清湄宮奉祀的神明主要有清水祖師、天上聖母和南海觀世音菩薩。清湄宮裡有二尊神尊金身年代久遠，是國寶級的呦！清水祖師公和天上聖母二媽祖神尊金身是先民林對先生自福建到西甲開墾時迎請來的，迄今至少有435年的歷史了，還有木雕的媽祖、千里眼和順風耳各一尊。

說到清水祖師，俗稱「祖師公」或「烏面祖師」，宋仁宗慶歷四年（1044年）生，俗姓陳，名應，或曰昭應，從小出家，戒律嚴格，悟道後以施醫濟藥、普救貧病為要務，救人無數，神威顯赫。祂也是西甲法師和乩童們的老祖師，清湄宮供奉的清水祖師到底來台灣多久了？且看祂自己怎麼說。祂曾於民國九十九年（2010年）六月十九日降駕，祂說大約同時期來台的清水祖師金身有三尊，祂自己是在西元1585年隨林對先生來到西甲的。照此一說法，清湄宮供奉的清水祖師金身來台灣很久很久了！當地居民都尊稱為「老祖師公」，是西甲非常重要的宗教文化資產。第二尊是西甲竹仔腳的相命全（因幫人算命，大家都稱他為「相命全」）私人所供奉的清水祖師金身，祂是西元1590年來台灣的，此神尊金身現已不知下落。還有一尊是學甲中洲清水寺所奉祀的清水祖師金身，祂是西元1602年來到台灣的，該廟方稱這個神尊金身是開台清水祖師。今年（2020年）正月初五清水寺的人曾請他們的祖師公來清湄宮這裡，現任廟祝林炎德先生（民國43年生）曾向對方表示清湄宮的清水祖師金身來得更早，對方則回答說神明不會計較誰來得比較久，是我們人在計較誰比較久。

談到神明會不知去向，現任廟祝表示，私人供奉的神尊常會因後代子孫不想繼續拜，而不知去向。另外，在日治時期，曾實施所謂的宗教改正計畫，日本人不信仰台灣的神明，會把台灣的神明拿去燒毀，據傳有些廟的應變措施是請信眾把神明暫時請回家去藏起來，這麼一放就好幾年，後又經歷第二次世界大戰，等到事過境遷、人事已非，也不知道廟裡的神明究竟到哪裡去了。現任廟祝表示現在的信眾如果想迎請清湄宮的神尊回家，都須要登錄，以確實掌握神尊金身的去向。筆者沒想到珍貴的老祖師公金身也是可以讓信眾請回家去的，不過只有庄裡的熟人才行，而且只有三天。

接著介紹清湄宮奉祀的天上聖母媽祖，這裡奉祀的天上聖母媽祖有大媽、二媽和三媽，每一個神尊金身來到清湄宮的時間不同。前面已提過，天上聖母二媽祖是與清水祖師公同時來到西甲的，祂也是西甲珍貴的宗教文化資產。第二個來到清湄宮的是天上聖母三媽祖，據傳是在清朝末年，大約一百多年前，北港的朝天宮頗具規模，希望清湄宮的二媽祖能到他們那裡進香，可是照理來說卻是名不正言不順，清湄宮的二媽祖來自大陸湄洲，祂的祖廟在湄洲那裏，要進香也是到祖廟去，怎麼會是到角頭的新廟去進香？北港朝天宮刻了天上聖母三媽祖給清湄宮，從此清湄宮的三媽祖就會到朝天宮進香，二媽祖也一起去。至於天上聖母大媽祖，是北港商人謝元利先生在民國六十六年（1977年）捐獻給清湄宮的。謝元利先生在北港朝天宮的對面開一間柑仔店，清湄宮的信眾每年到朝天宮進香時，常會在他的店休息、買東西，久而久之大家成為好朋友，就捐獻大媽祖給清湄宮，有人說「商人重利」，謝元利先生卻是懂人情義理之人啊！所以現在清湄宮奉祀的天上聖母有大媽祖、二媽祖和三媽祖，要去朝天宮進香，大媽祖、二媽祖和三媽祖通通都去。

清水祖師公和天上聖母二媽祖年代久遠，理應屬於國家級登記有案的文化資產，現任廟祝表示，如果要向政府申請為文化資產，必須成立基金會，成立了基金會就須被政府控管，太麻煩了，所以廟方沒意願這麼做。筆者細想，庄民要的是神明的庇佑平安，是不是古蹟或者是不是開基都不重要，多麼單純的信仰啊！

清湄宮有奉祀南海觀世音菩薩，庄民習慣稱之為「南海佛祖」或「觀音佛祖」，金身原本是由居民張叶先生自六甲赤山龍湖巖迎請回自家供奉的，神威顯赫。後來他的兒子張熏先生到外地打拼，無法常常供奉，乃於民國七十三年（1984年）農曆五月初六捐獻奉祀清湄宮，讓庄民也能朝拜。

在建新廟前，清湄宮總計有十三尊神尊金身。有老清水祖師公（尺寸約22公分）和巷口來的清水祖師公（尺寸約22公分）（詳細情形見清湄宮的傳奇故事）金身各乙尊，天上聖母大媽祖（尺寸約45公分）、二媽祖（尺寸約22公分）和三媽祖（尺寸約22公分）金身各乙尊，以及南海觀世音菩薩（尺寸約46公分）金身乙尊。另外，隨天上聖母二媽祖來臺的有木雕的媽祖、千里眼和順風耳（尺寸均約15公分）各一；朝天宮送的三媽祖也有千里眼和順風耳（尺寸均約10公分）各一陪祀。廟裡常有的虎爺這裡也有二尊，擺在後面的是鎮殿虎爺，放在前面的虎爺可供信眾迎請回家。趁這次建新廟，廟方也增祀了一些神尊，這也是一個故事。在建廟期間，廟方去雕塑了清水祖師、天上聖母、南海觀世音菩薩各一尊金身，尺寸均約36公分，打算做為鎮殿的神尊，等到雕塑好了，卻發現這三尊和三層樓高的清湄宮不成比例，只好又去雕塑更大尺寸的神尊金身做鎮殿用，尺寸依序為100公分、105公分和96公分，如此一來，神尊金身數目增加了六個。還有，廟方也增祀福德正神（尺寸均約1.6尺）、註生娘娘（尺寸均約1尺）、田都元帥（尺寸均約1.2尺）金身各乙尊。特別提一下，因為這塊地原本是宋江館，後來改建易名為清湄宮，庄民認為還是要讓宋江爺坐大位，所以去刻了宋江爺金身放在偏殿讓大家來膜拜，西甲人是多麼地不忘本啊！現有神尊數目超過二十，神明的陣容更形壯盛。

當新的清湄宮蓋好，要如何安排神尊的座次？我們人類好像想太多了，神明們自己會喬哦！在安座之時，清水祖師和天上聖母二個神尊互相退讓，經請示神尊的結果，清水祖師表示祂是男性神明，喜歡跑來跑去，不喜歡坐鎮不動，祂堅決由媽祖坐中間的大位，清水祖師坐左邊，南海觀世音菩薩坐右邊。現任廟祝說：「其實天上的神明是不會在意自己坐哪裡的。」

清湄宮裡有一房間，衛浴設備俱全，為什麼要設置這個房間？原來早期有捉乩童，被王爺公選中的乩童必須到這個房間來「坐禁」，學習和神明溝通的儀式或方法，要在這房間裡待七七四十九天，不得離開半步，也不得有他人進入，只有紅頭可以，三餐則由廟公買素食給他吃。

清湄宮奉祀的神尊之生日慶典就是當地居民的盛事，清水祖師的生日是農曆正月初六，一般叫做祖師公生；南海觀世音菩薩的生日是農曆二月十九日，天上聖母的生日是農曆三月二十三日，宋江爺田都元帥的生日是農曆六月十一日，農曆十一月十四和十五日西甲聚落要謝公願，是居民答謝神恩的日子，感謝神明一年來保護境內平安，這幾個日子的西甲都超級熱鬧哦！歡迎大家來共襄盛舉。

每年農曆正月初五（清水祖師生日的前夕）、三月二十二日（天上聖母生日的前夕）和十一月十五日（謝公願的前夕）都會做戲，前二者的下午和晚上會演布袋戲各四小時，後者則做大戲，即演歌仔戲。清水祖師和天上聖母生日的前一晚上會有謝神敬上天活動，謝神通常會在廟埕搭三個帳棚，裡面各擺放一張桌子，上面有香爐，中間的那一桌是拜玉皇大帝，祭品是熟葷五牲（豬、雞、魚、韭菜、魷魚乾）和素五牲（麵粉做的豬、素雞、素魚、羊、和餅）各一付；左邊的那桌是拜南北斗星君，祭品是熟葷三牲（豬、雞、魚）和素三牲（素豬、素雞、素魚）各一付；右邊的那一桌是拜地藏王菩薩，祭品是熟葷五牲和素五牲各一付。當然，水果和餅乾是少不了的，還有信徒們也會獻上壽桃來表達感恩之意。這麼多的供品怎麼辦，廟方會請志工將這些供品分裝成130至140袋，等到隔日信眾到廟裡燒金拜拜，可以領一袋回家，當做吃平安。這種「分食」的概念很好，不然這麼多食物要如何處理？

南海觀世音菩薩的生日（農曆二月十九日）辦得有點不一樣，祂是吃素的神明，生日前一日沒做布袋戲也沒謝神，只有在生日當天廟方會準備素三牲、水果和餅乾來拜拜，當然也有做布袋戲熱鬧一下。不過祂和天上聖母的生日（農曆三月二十三日）很接近，所以蓋了新廟後，現在每年的農曆三月二十三日，祂也會跟著天上聖母大媽、二媽和三媽先到北港朝天宮去進香，回程再到六甲赤山龍湖巖。

清湄宮早期還有一件熱鬧的事，也就是每年的春節初一到初三，這裡的廟埕聚集了許多人在賭博，公開的而且警察不會抓的哦！不只是西甲的庄民，連外庄的人都來玩，滿滿是人，好幾種的賭博方式任君挑選。其中有一種賭博是莊家隨意抽出一個象棋的棋子，把它裝入圓形的盒子內，接著就請大家開始押注，是哪一支棋？押中的話是一賠十。一般來說，賭博的人群在初三會逐漸散去，到初四和初五有些人則轉入私人家中繼續賭，這樣的新春聚賭直到陳水扁總統上台後嚴格抓賭才終止。林木通先生的長子今年剛好滿六十歲，他說他小時候常常在廟埕玩，廟裡三不五時都有人，很熱鬧，尤其是過年更熱鬧，現在過年人群不再聚集於此，過年不像過年，好可惜。